W czasach, gdy Polski nie było na mapie, a Kraj podzielony był między Rosję, Prusy i Austrię, Polacy walczyli o swoją tożsamość, by nie pozwolić się wchłonąć przez narody zaborców. Po klęskach powstań starali się również jak najlepiej wykorzystać lata niewoli, przygotowując się do odbudowy wolnej Polski.
Do Rygi, od samych początków działania tamtejszej Politechniki (1862, obecnie Uniwersytet Łotewski) tłumnie zjeżdżali studenci polscy z Kongresówki i Kresów, zachęceni wysokim poziomem nauczania oraz dużą autonomią uczelni. Językiem wykładowym był niemiecki.
Polacy stanowili niemalże połowę ogółu studentów. Odczuwali potrzebę zorganizowania się w ramach jakiejś instytucji, która stanowiłaby ich reprezentację na uczelni. 9 maja 1879 roku, dzięki wytężonej pracy m.in. Wacława Giżyckiego oraz Karola Gąssowskiego, założono korporację "Arkonia". Forma zewnętrzna została zapożyczona od korporacji niemieckich, a treści nadano charakterystyczne polskie cechy. Przyjęte przez korporację barwy, najważniejszy symbol korporacji, oznaczają do dziś odpowiednio: granat - wierność ideałom, biel - prawdę, zieleń - nadzieję na odzyskanie niepodległości.
Podanie Stefana Kozłowskiego, czyli pierwszą deklarację ideową stowarzyszenia, Koło Arkonii przyjęło w 1881 roku. W zwięzły sposób wyznaczało ono podstawowe cele i moralne obowiązki Arkona, wskazując tym samym drogę postępowania członkom korporacji, czyli: stworzenie grupy przyjaciół, zdobycie wyższego wykształcenia i ciągła praca nad sobą, czynny patriotyzm oraz tolerancję wobec innych poglądów.
Po wybuchu pierwszej wojny światowej w 1914 roku ład akademickiego świata został zaburzony. Wielu studentów wyjechało do Moskwy, do której przeniesiono Politechnikę Ryską, część powróciła do domów. Jednak Arkoni, czujący silną więź między sobą, dalej prowadzili życie Stowarzyszenia w miejscu swojego pobytu. Wojna uniemożliwiała kontakty między członkami Stowarzyszenia, przez co doszło nawet do sytuacji, gdy Arkonia istniała niemal jednocześnie w Rydze, Moskwie i Warszawie (gdzie założono "Arkonię Varsoviensis"). Gdy Polska wróciła na mapę świata (1918), a część Arkonów ryskich zjechała do stolicy swej Ojczyzny, zgodnie ustalono przeniesienie korporacji do Warszawy i połączenie jej z Arkonią Varsoviensis.
W dwudziestoleciu międzywojennym Arkonia afiliowała się przy Politechnice Warszawskiej (1918). Już dwa lata później wszyscy członkowie Arkonii, zobowiązani uchwałą Koła, stanęli w obronie młodej niepodległości. Gdy w maju 1926 wojska marszałka Piłsudskiego stanęły na praskim brzegu Wisły, Koło Arkonii uchwaliło obowiązek obrony demokratycznie i zgodnie z konstytucją wybranego rządu. W walkach majowych zginęło dwóch członków Arkonii, m.in. ówczesny wiceprezes Stowarzyszenia Adam Malinowski, który będąc przeciwnym czynnemu udziałowi w walkach, zgodnie z arkońskim obowiązkiem podporządkował się decyzji Koła. Tę doniosłą ofiarę do dziś upamiętniamy minutą ciszy przed każdym posiedzeniem Koła Arkonii.
W obliczu wybuchu drugiej wojny światowej Arkonia zawiesiła swoją działalność i po raz kolejny zobowiązała wszystkich członków do obrony Ojczyzny. Na frontach wojny oraz w obozach (m.in. w Oświęcimiu, w Katyniu i w warszawskim getcie) zginęło przeszło 60 Arkonów. W czasach PRL rozsiani po Kraju oraz po świecie członkowie korporacji (głównym ośrodkiem emigracyjnym był Londyn) utrzymywali stały kontakt. Wydawane i rozsyłane pocztą biuletyny arkońskie pozwalały również wymieniać myśli i wspomnienia. Dzięki temu idee Arkonii przez pół wieku przetrwały mimo bardzo niesprzyjających warunków. Szczególnym wydarzeniem, było przedłużenie historycznej ciągłości Stowarzyszenia, gdy do stale nielegalnej organizacji, począwszy od 1982 roku, przyjmowano członków rodzin przedwojennych Arkonów (tzw. Filistrów średniego pokolenia).
W 1990 roku, z w Sądzie Wojewódzkim w Warszawie zarejestrowano Stowarzyszenie Arkonia, do którego od 1992 roku zaczęto przyjmować młodych członków. Arkonia powróciła na warszawskie uczelnie.